In der dritten „Sisi“-Staffel steht das Kaiserpaar derweil vor seiner größten Zerreißprobe, denn die junge Kaiserin, Frau und Mutter steht zwischen dem Kampf für ihre eigene Familie, der Sehnsucht nach Abenteuer und den Verpflichtungen am Hof. In Zeiten politischer Unruhen befreit Sisi den Kronprinzen aus der Militärausbildung, die ihr Mann Franz (Jannik Schümann) gegen ihren Willen verordnet hat und kehrt der Hofburg den Rücken. Auf der Flucht mit Sohn Rudolf schließt sie neue Freundschaften, erlebt Abenteuer auf einer kleinen Insel und in Paris.